Au 23ème siècle, l'Amiral James T. Kirk, à bord de l'USS Enterprise, accomplit une mission d'inspection de routine. Il reçoit un message urgent du laboratoire spatial Regula One. Khan, un brillant renégat de la Terre du XXème siècle, et vieil ennemi de Kirk, s'est emparé d'un dispositif ultra-secret : le projet Genesis. À la tête d'une bande de surhommes génétiquement modifiés, Khan tend un piège à Kirk et menace l'Univers entier…

 

"C'était la meilleure des époques, c'était la pire des époques… C'est un message Spock ?"